Alcuni tratti comuni alle istituzioni originarie sono venuti meno col tempo, e sono invece entrati nel panorama istituzionale dell’Unione nuovi organismi ad esse assimilabili. Non è più da loro condivisa la caratteristica di non vedere la propria nomina dipendere da un’altra istituzione. Caratteristica venuta già meno con il Trattato di Maastricht, della Corte dei conti, i cui componenti sono nominati dal Consiglio; dipende ormai dal Consiglio europeo anche la nomina della Commissione. Con il Trattato di Nizza non è più vero che sia comune alle istituzioni il potere di auto-organizzazione, quindi competenza ad adottare in piena autonomia il proprio regolamento interno, visto che quello della Corte dei conti deve essere approvato dal Consiglio.
Dal possesso della qualità di <istituzione> discende l’applicabilità delle norme dei Trattati che generalmente si riferiscono alla fissazione della loro sede (<la sede delle istituzioni dell’Unione è fissata d’intesa comune dai governi degli Stati membri>), il regime linguistico (è fissato dal Consiglio che delibera all’unanimità mediante regolamenti). Non si vuole però limitare l’ambito di applicazione delle norme in questione attraverso l’uso del termine istituzione.
La Corte di Giustizia ha ritenuto che il <termine ‘istituzione’ non va inteso nel senso che comprende solo le istituzioni della Comunità elencate nell’art 4> ma anche gli organismi come la Banca europea degli investimenti, <organismo comunitario> che <ha il compito di contribuire alla realizzazione degli scopi della Comunità e si colloca, in base al Trattato, nel contesto comunitario>. Rispetto alla agenzie europee in quanto organismi creati dalle stesse istituzioni, parrebbe incompatibile escludere che a tali agenzie si applichino le norme dei Trattati che disciplinano il funzionamento delle istituzioni da cui sono state create ed il controllo sui loro atti.