L’art. 25 cc stabilisce che l’ autorità governativa (prefetture, regioni o province autonome) esercita il controllo sull’amministrazione delle fondazioni; provvede alla nomina e alla sostituzione di amministratori e rappresentanti quando le disposizioni contenute nell’atto di fondazione non possono attuarsi; annulla le delibere contrarie a norme imperative, all’atto di fondazione, all’ ordine pubblico o al buon costume, facendo salvi i diritti dei terzi in buona fede [mentre, in caso di mancanza di potere dispositivo dell’organo che ha impegnato l’ente, il potere di pronunciare l’invalidità del negozio spetta alle autorità giudiziaria e non rileva la buona fede del terzo contraente]; può sciogliere il consiglio di amministrazione e nominare un commissario straordinario, qualora gli amministratori non agiscano in conformità dello statuto o dello scopo della fondazione o della legge; autorizza le azioni per la responsabilità degli amministratori, esercitate dal commissario straordinario, dai liquidatori o dai nuovi amministratori. La ratio di questo controllo risiede nella diversa struttura delle fondazioni, che mancano di un controllo interno, analogo a quello che nelle associazioni viene esercitato dai membri o da organi appositi.
Il controllo pubblico previsto dalla norma in esame, che ricorre solo nelle ipotesi di anormale svolgimento dell’attività istituzionale, è preordinato esclusivamente alla realizzazione dell’interesse dell’ente, ed è avvolto ad assicurare che il patrimonio della fondazione sia destinato allo scopo voluto dal fondatore. Il potere amministrativo di controllo , limitato alle sole variazioni patrimoniali, può trasformare la natura privatistica dell’ente e fargli assumere carattere pubblico per assicurare il raggiungimento dello scopo istituzionale. Nel caso in cui l’atto costitutivo o lo statuto di una fondazione indichino specificamente l’autorità governativa preposta alla vigilanza, è solo questa (e non il prefetto) ad esercitare i poteri di controllo.
Esaminando la prassi amministrativa, i poteri di controllo previsti dall’articolo 25 , che comportano esclusivamente un sindacato di mera legittimità e non di opportunità o convenienza delle operazioni, vengono effettuati solo in casi del tutto eccezionali; a fronte di ciò si è auspicata una riforma della disciplina che istituisca appositi uffici amministrativi cui dovrebbe essere demandata la funzione di controllo. I privati possono sollecitare l’attività di vigilanza sulle fondazioni, ma il mancato esercizio di tale potere non legittima il privato, portatore di un mero interesse di fatto, a proporre impugnativa.
Per le associazioni (sia riconosciute che non riconosciute), invece, l’ art. 23 cc stabilisce che le delibere dell’assemblea contrarie alla legge, all’atto costitutivo e allo statuto possono essere annullate su istanza degli organi dell’ente, di qualunque associato o del pubblico ministero.