Una volta che è stata avviata la fase processuale, la legge prevede che sia identificato con chiarezza il pubblico ministero competente.
Al contrario, quando si è ancora nella fase delle indagini preliminari, il legislatore ha preferito garantire una maggiore libertà ai P.M., che possono liberamente svolgere la loro attività investigativa anche al di fuori del normale territorio di competenza della procura cui appartengono.
Questa disciplina, tuttavia, può dar luogo a dei contrasti fra pubblici ministeri.
Un contrasto negativo si verifica quando rispetto ad un pubblico ministero, che si è ritenuto incompetente, ha trasmesso gli atti ad un altro pubblico ministero il quale a sua volta si ritiene incompetente.
In questo caso è previsto l’intervento del procuratore generale presso la Corte d’appello, se il contrasto sorge fra procure che appartengono allo stesso distretto ovvero l’intervento del procuratore generale presso la Corte di cassazione, se il contrasto sorge fra procure che appartengono a distretti diversi.
Un contrasto positivo: che si verifica quando più procure indagano su di uno stesso fatto e richiedano alle altre procure la trasmissione degli atti ritenendo ognuna di essere competente. Anche in questo caso è previsto l’intervento della Corte d’appello ovvero della Corte di cassazione (a seconda che il contrasto sia interno al distretto o esterno).
Una volta che viene risolto il contrasto, con l’assegnazione della competenza ad un solo P.M, gli atti di indagine compiuti precedentemente dalle altre procure rimangono validi e utilizzabili.
E’ possibile, inoltre, che la questione relativa alla competenza del P.M. non derivi da un contrasto ma da un’istanza presentata dalle parti, ossia dall’indagato, dalla persona offesa e dai rispettivi difensori. L’istanza, con cui viene richiesto che gli atti siano trasmessi ad un altro P.M. ritenuto competente, deve essere motivata e deve essere indirizzata al pubblico ministero che sta svolgendo le indagini il quale deciderà entro 10 giorni.
In caso di rigetto, la parte può presentare la stessa istanza al procuratore generale presso la Corte d’appello ovvero al procuratore generale presso la Corte di cassazione, a seconda che le due procure, quella ritenuta competente e quella che sta svolgendo l’indagine, appartengano allo stesso distretto.
Entro 20 giorni dal deposito della richiesta, il procuratore generale provvede alla determinazione della competenza con decreto motivato comunicato alle parti e agli uffici interessati. La richiesta può essere anche reiterata, a meno che non si fondi su fatti nuovi o diversi. Gli atti di indagine rimangono validi e utilizzabili.