Il principio generale in tema di navigazione marittima è che ogni nave è sottoposta esclusivamente al potere dello Stato di cui ha la nazionalità (Stato della bandiera). Tale Stato ha diritto, in linea di principio, all’esercizio esclusivo del potere di governo sulla comunità navale, il quale si esplica attraverso il comandante o le proprie navi da guerra (organi dello Stato). Al riguardo, l’art. 92 par. 1 della Convenzione di Montego Bay stabilisce che le navi navigano sotto la bandiera di un solo Stato e sono sottoposte, salvi i casi eccezionali, alla sua giurisdizione esclusiva.
Il principio della sottoposizione della nave al potere esclusivo dello Stato della bandiera subisce varie eccezioni a seconda dello spazio in cui la nave si trova, eccezioni le quali aumentano via via che la nave proceda verso le coste di un altro Stato e quindi metta in causa i poteri attribuiti allo Stato costiero:
- pirateria: la nave pirata, ossia la nave che commette atti di violenza contro altre navi a fini di preda o altri fini non politici, può essere catturata da qualsiasi Stato e sottoposta a misure repressive quali la punizione dei membri dell’equipaggio e di coloro che hanno partecipato all’atto di pirateria. L’art. 110 della Convenzione di Montego Bay ammette un limitato diritto di visita delle navi altrui in alto mare da parte di navi da guerra. Tale articolo stabilisce che salvi i diritti previsti da trattati, una nave da guerra che incontri in alto mare una nave mercantile non può fermarla a meno che non abbia seri motivi di sospettare che la nave pratichi la pirateria o tratta degli schiavi, che dalla nave partano trasmissioni radio o televisive rivolte al grande pubblico e non autorizzate, che la nave non abbia nazionalità di alcuno Stato e che la nave, pur battendo bandiera straniera, abbia in realtà la medesima nazionalità della nave da guerra ;
- nave straniera nella zona economica esclusiva: quando la nave entra nella zona economica esclusiva di un altro Stato, alle eccezioni al principio di esclusività del potere dello Stato della bandiera si aggiungono quelle a favore dello Stato costiero: nella zona economica, infatti, tale ultimo Stato può esercitare sulle navi altrui tutti i poteri connessi alla regolamentazione dello sfruttamento delle risorse (es. reprimere le infrazioni in tema di sfruttamento delle risorse naturali);
- nave straniera nel mare territoriale: per quanto attiene al mare territoriale, abbiamo precedentemente precisato i limiti entro i quali lo Stato costiero può esercitare il proprio potere di governo nei confronti delle navi altrui, limiti costituiti dal diritto di passaggio inoffensivo e dalla sottrazione alla giurisdizione penale dello Stato costiero dei fatti puramente interni;
- diritto di inseguimento: le navi da guerra o adibite a servizi pubblici appartenenti allo Stato costiero possono inseguire una nave straniera che abbia violato le leggi di tale Stato purché l’inseguimento abbia avuto inizio nelle acque interne, nel mare territoriale o nella zona contigua, nella zona economica esclusiva oppure nelle acque sovrastanti la piattaforma continentale. L’inseguimento, tuttavia, deve essere continuo e sulla nave catturata possono essere esercitati soltanto i poteri esercitabili nella zona in cui l’inseguimento ha avuto inizio. Tale inseguimento, comunque, deve cessare se la nave entra nel mare territoriale di un altro Stato;
- presenza costruttiva: la nave straniera che, pur mantenendosi in acque internazionali, partecipi a traffici illeciti che altre navi o imbarcazioni svolgono in spazi marini sottoposti al potere di governo dello Stato costiero può essere catturata da quest’ultimo. In realtà non si tratta di vero e proprio diritto di inseguimento ma dell’applicazione del principio funzionalistico in tema di vigilanza doganale.
 L’art. 91 della Convenzione di Montego Bay stabilisce che ciascuno Stato fissa le condizioni per l’attribuzione della bandiera, ossia per l’immatricolazione delle navi nei propri registri navali, fermo restando che deve esistere un legame sostanziale tra lo Stato e la nave. L’art. 94 a sua volta precisa che il primo deve esercitare effettivamente la sua potestà di governo e il suo controllo in campo amministrativo, tecnico e sociale sulla seconda.
Se lo Stato di immatricolazione non rispetta la norma sul legame sostanziale (c.d. bandiere ombra), si ritiene che gli altri Stati siano autorizzati a disconoscere il carattere internazionalistico della nave ed esercitare su di essa il loro potere di governo. Trattasi tuttavia di una soluzione che non ha fondamento nella prassi e che è smentita anche da un numero rilevante di convenzioni