La struttura fondamentale dell’organizzazione dello Stato è costituita dal complesso dei ministeri, dalle agenzie, dalle aziende e dalle Amministrazioni indipendenti.
I ministeri, tra cui va annoverata la Stessa Presidenza, sono uffici complessi ma differenziati, ciascuno con propri ordinamenti normativi e una propria regolamentazione-relativa al personale, con proprie previsioni di bilancio, nell’ambito del bilancio statale, con la propria attribuzione irrazionale, al cui interno ogni organizzazione ha la sua sfera di competenza.
I ministeri sono uffici complessi,, formati da una pluralitĂ - articolata di uffici ed organi, tutti individuati con riferimento ai compiti  loro attribuiti, ma tutti accomunati tra loro nell’attribuzione complessiva del ministero.
Tutti i ministeri constano di un’organizzazione centrale con sede a Roma, e molti di essi hanno anche un’organizzazione a livello periferico con sedi dislocate nel territorio regionale o provinciale.
II D.Lgs. 300/1999 ha dato per la prima volta attuazione all’art. 95, 3° comma, Cost., che demanda alla legge la determinazione del numero, delle attribuzioni e dell’organizzazione dei ministeri.
Il modello organizzativo dei ministeri risale alla legge Cavour del 1853, secondo la quale il ministero si caratterizza quale struttura composta di una serie di uffici gerarchicamente ordinati e tutti dipendenti dal ministro, al quale erano imputati tutti i poteri e gli atti di attribuzione dell’ amministrazione centrale. Altri poteri di portata piĂą limitata erano imputati agli organi a titolaritĂ professionale dell’amministrazione periferica, gerarchicamente subordinati al ministro.
Organo di vertice della struttura è, come detto, l’ufficio del ministro, organo a carattere eminentemente politico, con poteri di programmazione, indirizzo e controllo.
Il ministro, per l’esercizio di funzioni politico-amministrative, si avvale di uffici aventi esclusive competenze di supporto e di raccordo con l’amministrazione (uffici di gabinetto).
All’interno della struttura  ministeriale,  gli uffici che rappresentano le  unitĂ Â funzionali elementari dell’organizzazione sono aggregati in uffici maggiori e questi in uffici ancora maggiori.
Secondo il nuovo ordinamento, i ministeri sono organizzati sulla base di due differenti modelli:
–          modello dipartimentale, in base al quale il ministero si articola in grandi strutture organizzative dette dipartimenti, a loro volta-articolati al proprio interno, in uffici dirigenziali generali. I dipartimenti hanno lo scopo di assicurare l’esercizio delle funzioni del ministero. I loro compiti concernono aree di materie omogenee, con compiti di organizzazione e gestione delle risorse strumentali, finanziarie e del personale, nonchĂ© l’attribuzione di compiti strumentali, di indirizzo e coordinamento delle unitĂ di gestione interne.
L’incarico di capo del dipartimento è conferito con decreto del Presidente della Repubblica e sottoposto a conferma o revoca entro novanta giorni dal voto sulla fiducia al Governo (si tratta di un incarico sottoposto al cd. spoil system). Dal capo del dipartimento dipendono gli uffici dirigenziali generali;
–Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â modello a direzione generale, in base al quale gli uffici dirigenziali generali, nei quali il ministero direttamente si articola, vengono coordinati nella loro azione dal segretario generale del ministero, che opera alle dipendenze del ministro.
Il segretario assicura il coordinamento dell’azione amministrativa, svolgendo una complessa opera di vigilanza sull’intero andamento del ministero, di cui riferisce periodicamente al ministro.
Anche l’incarico di segretario generale è soggetto alla medesima disciplina del capo del dipartimento, per cui è, in sostanza, soggetto a decadere ad ogni nuovo governo, salva conferma.
Il  modello dipartimentale è proprio delle organizzazioni  ministeriali  la  cui  azione investe settori dell’amministrazione differenziati, ma omogenei al proprio interno; l’altro modello, quello a direzione generale, è tipico di quelle organizzazioni la cui attività è coesa attorno ad un’unica politica di settore, sebbene articolata in una pluralitĂ di specializzazioni.
Presso ogni ministero è collocato un ufficio centrale del bilancio, ragioneria centrale, che dipende dalla ragioneria generale presso il Ministero dell’economia e delle finanze.
Presso ciascuna Pubblica Amministrazione è costituito un servizio di controllo interno, con il compito di verificare la realizzazione degli obiettivi, la corretta gestione delle risorse, l’imparzialitĂ e il buon andamento dell’azione amministrativa. E’ posto alle dirette dipendenze degli organi di vertice dell’amministrazione ed ha accesso alla documentazione interna degli uffici; può chiedere informazioni e notizie sull’andamento di essi; può disporre ispezioni”, riferendo periodicamente agli organi di vertice dell’Amministrazione.
Presso ogni ministero vi sono organi collegiali, tra i quali occorre segnalare il consiglio di amministrazione, con funzioni di natura consultiva e deliberativa in materia di gestione del personale ministeriale.
E’, inoltre, prevista la costituzione, presso ogni ministero, di una commissione di disciplina e i consigli superiori. Si tratta di organi consultivi del ministero dotati, talvolta, di compiti decisionali.
Molti ministeri hanno un’organizzazione periferica. A livello provinciale è istituito: l’Ufficio territoriale del Governo, che ha sostituito le tradizionali prefetture, cui sono attribuite competenze di coordinamento generale dell’attivitĂ amministrativa espletata a livello periferico dagli uffici dello Stato.
Accanto ai ministeri, l’organizzazione statale prevede come modello tipico quello delle Agenzie, la cui disciplina generale è stata introdotta per la prima volta con il D.Lgs. 300/1999.
Le agenzie svolgono attivitĂ a carattere tecnico-operativo di interesse nazionale; sono strutture organizzative strettamente collegate ai singoli ministeri e sono sottoposte ai poteri di indirizzo e di vigilanza del ministero. L’approvazione di bilanci e rendiconti è di competenza del ministero.
Nello stesso tempo, però, le agenzie sono dotate di notevole autonomia organizzativa e funzionale e dispongono di propri organi di gestione (direttore generale e comitato direttivo) e di controllo interno; soprattutto essi operano non solo al servizio del ministero al quale sono collegate, ma di tutte le amministrazioni pubbliche, ed operano sulla base di convenzioni che fissano le prestazioni dell’agenzia.
Le agenzie non sono, però, dotate di personalitĂ giuridica e, quindi, sono inserite nell’ambito della personalitĂ giuridica dello Stato, con le conseguenze che ne derivano in termini di responsabilitĂ patrimoniale. Viceversa, hanno personalitĂ giuridica le Agenzie fiscali, che svolgono compiti tecnico-operativi, giĂ attribuiti al Ministero delle finanze.
Sono incardinate nell’ambito di alcuni ministeri le cd. aziende autonome dello Stato, in genere adibite ad attivitĂ di tipo operativo -produttivo (servizi). Di recente, le attivitĂ proprie delle aziende sono state organizzate dallo Stato in forma di impresa, per cui il modello organizzativo delle aziende è ormai in via di superamento. Tuttavia, restano ancora in vita alcune Aziende (Monopoli di Stato, gli Archivi notarili e poche altre), le quali svolgono un ruolo marginale rispetto al complessivo assetto organizzativo dello Stato.