II regime dei controlli al sistema universitario si caratterizza per il rango costituzionale dell’autonomia garantita alle università (art. 33 cost.). Il controllo interno sulla gestione amministrativa, finanziaria e contabile delle università è rimesso a nuclei di valutazione, che hanno il compito di verificare la ”produttività della ricerca e della didattica”, la corretta gestione delle risorse pubbliche, l’imparzialità e il buon andamento dell’azione amministrativa. I nuclei hanno autonomia operativa e diritto di accesso ai dati e alle informazioni necessari.
I criteri generali per la valutazione delle attività universitarie e la tipologia dei dati e delle informazioni che i nuclei sono tenuti a rilevare sono stabiliti dal Comitato nazionale per la valutazione del sistema universitario. Inoltre, i nuclei acquisiscono periodicamente, mantenendone l’anonimato, le opinioni degli studenti sulle attività didattiche. Sull’esito dei controlli eseguiti, i nuclei riferiscono annualmente al Ministero dell’istruzione, dell’università e della ricerca e al Comitato nazionale per la valutazione del sistema universitario, anche ai fini della successiva assegnazione delle risorse a carico del bilancio dello Stato.
In ragione dell’autonomia costituzionale garantita alle università, le norme circoscrivono a determinati oggetti il controllo esterno della Corte dei conti (artt. 1 e 2, legge n. 370/1999). Da quest’ultimo è espressamente escluso il riscontro dei singoli atti di gestione, sia esso di legittimità o di regolarità contabile; mentre, per quanto riguarda il controllo sui risultati della gestione, questo ha ad oggetto unicamente i conti consuntivi e si svolge ai soli fini di una relazione al Parlamento, unica per tutte le università, sulla loro gestione finanziaria.
A tal fine, le università trasmettono alla Corte i consuntivi annuali – corredati delle relazioni del rettore, del nucleo di valutazione interna e dei revisori dei conti – non oltre quindici giorni dopo la loro approvazione e, comunque, non oltre sei mesi dopo la chiusura dell’esercizio finanziario a cui si riferiscono.