Sebbene il pubblico ministero sia titolare del potere di direzione delle indagini, egli può compiere gli atti di indagine:
- in prima persona;
- delegando la polizia giudiziaria. Si è tuttavia voluta escludere la possibilità di una delega generica, imponendo che gli atti tipici possa essere svolti dagli agenti e dagli ufficiali solo se espressamente delegati.
 La delega è generalmente consentita per tutti gli atti, ma nel sistema possono essere rinvenuti più o meno esplicitamente alcuni limiti, come ad esempio:
- divieto di delegare l’interrogatorio dell’indagato arrestato, ricavato dall’art. 370 co. 1;
- divieto di delegare l’accertamento tecnico non ripetibile, ricavabile dalla natura dell’atto;
- divieto di compiere ispezioni, perquisizioni o sequestri, che si svolgono negli uffici dei difensori e che sono disposti nel corso delle indagini preliminari, previsto espressamente dall’art. 103 co. 4.
Ogni atto deve essere corredato dalla redazione di un verbale, cui provvede l’ufficiale di polizia giudiziaria o l’ausiliario che assiste il pubblico ministero. L’art. 373 co. 1 elenca tutti quegli atti che devono essere documentati con un verbale redatto in forma integrale, delineando in via residuale quelli che debbono essere redatti in forma riassuntiva.
 Gli atti contenenti la notizia di reato e la documentazione relativa alle indagini sono conservati in apposito fascicolo (fascicolo per le indagini) presso l’ufficio del pubblico ministero, assieme agli altri atti trasmessi dalla polizia giudiziaria (co. 5).