I controlli interni della gestione sono oggetto della disciplina organica dettata dal d.lgs. n. 286 del 1999 che ne prevede lo svolgimento presso tutte le pubbliche amministrazioni. La verifica e la valutazione delle attivitĂ di gestione sono configurate come strumentali alle funzioni degli organi di Governo e degli uffici dirigenziali tecnico-burocratici e pertanto ne sono previste due tipologie:
- i controlli strategici hanno per oggetto l’attuazione delle scelte di indirizzo politico e consistono in un’attività di valutazione e di controllo strategico, la quale supporta l’attività di programmazione e di indirizzo politico amministrativo (art. 6);
- i controlli di gestione, consistendo nel verificare l’efficacia, l’efficienza e l’economicità dell’azione amministrativa (art. 1), hanno lo scopo di rendere possibile un più proficuo svolgimento dei compiti e dei poteri affidati ai dirigenti di uffici dirigenziali generali.
Questi due tipi di controllo si concludono con delle relazioni destinate esclusivamente agli organi di vertice dell’amministrazione, ai soggetti e agli organi di indirizzo politico-amministrativo , allo scopo di ottimizzare la funzione amministrativa.
 Degli esiti dei controlli interni, comunque, si tiene conto anche nella valutazione delle prestazioni dei dirigenti, in modo tale che essi possono avere rilevanza agli effetti della c.d. responsabilità dirigenziale, collegata ai risultati negativi della gestione o al mancato raggiungimento degli obiettivi . Relativamente agli apparati per lo svolgimento dei controlli interni, il d.lgs. n. 286 del 1999 si limita a stabilire che:
- il controllo strategico è svolto da strutture che rispondono direttamente agli organi di indirizzo politico-amministrativo;
- il controllo di gestione è svolto da strutture e soggetti che rispondono direttamente ai dirigenti posti al vertice dell’unità organizzativa interessata