Gli apparati mediante i quali si esercitano le funzioni di regolazione, considerati sotto il profilo dei rapporti tra politica e amministrazione, sono riconducibili a due modelli dominanti:
- quello ministeriale (politico-burocratico), ossia dei ministeri e degli analoghi apparati delle amministrazioni delle Regioni e degli enti locali minori;
- quello delle amministrazioni indipendenti (tecnocratico), nel quale gli organismi sono competenti per regolazioni che richiedono la risoluzione di problemi tecnico-economici particolarmente complessi
I ministeri sono apparati complessi caratterizzati dagli stretti rapporti organizzativi che intercorrono al loro interno tra gli apparati politici (organi di governo) e gli apparati burocratici in modo da garantire che le competenze di questi ultimi siano esercitate nel rispetto degli indirizzi impartiti dagli organi di governo:
- gli apparati politici sono costituiti dai Ministri, i quali:
- esercitano le funzioni di indirizzo politico-amministrativo, definendo gli obiettivi e i programmi da attuare ed adottando gli atti rientranti nello svolgimento di tali funzioni;
- verificano la rispondenza dei risultati dell’attività amministrativa e della gestione agli indirizzi impartiti.
Per l’esercizio di queste e delle altre funzioni i Ministri si avvalgono di appositi uffici di diretta collaborazione , mediante i quali mantengono anche il necessario raccordo con le strutture burocratiche;
- gli apparati burocratici si identificano della figura dei dirigenti, i quali:
- emanano gli atti e i provvedimenti amministrativi, compresi tutti gli atti che impegnano l’amministrazione verso l’esterno;
- gestiscono l’ambito finanziario, tecnico e amministrativo mediante autonomi poteri di spesa e di organizzazione di risorse umane, strumentali e di controllo.
Vi sono una serie di norme che precisano le competenze dei Ministri e dei dirigenti nei rapporti reciproci, seguendo l’obiettivo di una chiara distinzione tra le funzioni della politica e quelle dell’amministrazione:
- il Ministro non può influire sui provvedimenti o sugli atti di competenza dei dirigenti, fermo restando il potere di annullamento per motivi di legittimità ;
- in caso di inerzia (o ritardo) da parte del dirigente, il Ministro può nominare un commissario ad acta, costituendo un apposito organo che provveda a quanto avrebbe dovuto essere fatto;
- i dirigenti possono formulare proposte ed esprimere pareri al Ministro nelle materie di sua competenza;
- i dirigenti riferiscono sull’attività da essi svolta correttamente e in tutti i casi in cui il Ministro lo richieda o lo ritenga opportuno.
 A definire ulteriormente i rapporti tra apparati politici e burocratici concorrono anche i poteri dei primi relativamente alla scelta delle persone titolari dei secondi. In particolare, spetta al Presidente del Consiglio il conferimento degli incarichi di direzione degli uffici di livello dirigenziale generale, con l’indicazione degli obiettivi da conseguire e con riferimento alle priorità , ai piani e ai programmi definiti nei propri atti di indirizzo. Gli incarichi dirigenziali, almeno di regola, possono essere attribuiti soltanto a persone già divenute dipendenti dello Stato, con la qualifica di dirigenti, sulla base di un concorso per esami oppure di un corso-concorso selettivo di formazione presso la scuola superiore della pubblica amministrazione. Tali incarichi sono sempre a tempo determinato, per una durata che deve essere correlata agli obiettivi prefissati, ma che non può essere inferiore a tre o superiore a cinque anni (rinnovabili).
I dirigenti sono soggetti alla c.d. responsabilità dirigenziale, che comporta l’impossibilità di rinnovo dell’incarico nelle ipotesi di:
- mancato raggiungimento degli obiettivi;
- inosservanza delle direttive generali imputabili ai dirigenti.
Questi provvedimenti, peraltro, possono essere presi soltanto su parere conforme di un comitato di garanti, costituito da un magistrato della Corte dei conti, da un esperto designato dal Presidente del Consiglio e da un dirigente eletto dai colleghi.
 In alcuni ministeri (es. affari esteri) sono previste anche delle figure di funzionari di livello superiore a quello dei dirigenti, ossia i segretari generali e i capi di dipartimento. Tali funzionati, che hanno compiti di coordinamento dell’attività dei dirigenti generali, sono nominati con decreto del Presidente della Repubblica, previa deliberazione del Consiglio dei Ministri su proposta del Ministro competente.
 In conclusione, quindi, i dirigenti burocrati hanno competenza esclusiva circa la gestione e l’emanazione degli atti amministrativi e l’organizzazione degli uffici, ma, per altro verso, sono in una situazione di subordinazione nei confronti dei Ministri, non soltanto perché sono tenuti ad attuare gli indirizzi politici da questi ultimi indicati, ma anche perché il loro incarico ha una durata che non può eccedere quella di una legislatura. La distinzione tra la funzione dei politici (indirizzo politico) e quella dei funzionari amministrativi (gestione amministrativa), inoltre, si accompagna alla necessità dell’esistenza di un rapporto di fiducia politica.
 Per la maggior parte dei ministeri è anche previsto un nuovo tipo di strutture organizzative, le agenzie, mediante le quali dovrebbero essere svolte prevalentemente attività a carattere tecnico-operativo . Le agenzie differiscono dalle direzioni generali perché hanno un’autonomia superiore, tuttavia, anch’esse operano al servizio delle amministrazioni pubbliche