La normativa pattizia prevede che il riconoscimento della personalità giuridica degli enti religiosi sia concessa secondo la procedura ordinaria a domanda dell’autorità confessionale competente, con decreto del Presidente della Repubblica, udito il Consiglio di Stato. Con la l. n. 13 del 1991 è stata determinata in maniera tassativa quali sono gli atti per i quali è ammessa la forma del decreto del Presidente della Repubblica. Tra questi non è compreso l’atto di riconoscimento della personalità giuridica, che secondo la stessa legge deve essere emanato nella forma del decreto ministeriale (decreto del Ministro dell’interno). La l. n. 127 del 1997 ha abrogato ogni disposizione di legge nella quale sia previsto in via obbligatoria il parere del Consiglio di Stato. Il risultato sembra essere quello di un trattamento differenziato per i diversi enti religiosi, per il riconoscimento della cui personalità giuridica il parere del Consiglio di Stato sarebbe richiesto solo per alcuni di essi.
Il sistema caotico derivato da queste continue modificazioni ha reso evidente la necessità di una rinegoziazione delle procedure previste dalle disposizioni pattizie. Stato e Chiesa cattolica, quindi, hanno proceduto ad uno Scambio di note diplomatiche (1998), con le quali è stato convenuto tanto di confermare pattiziamente l’adozione delle forma del decreto ministeriale, quanto di prevedere la richiesta del parere del Consiglio di Stato soltanto quanto l’amministrazione procedente lo ritenga necessario per l’oggettiva complessità e delicatezza della pratica istruttoria . Occorrerebbe tuttavia verificare se a seguito della semplificazione del procedimento per il riconoscimento delle persone giuridiche private, che attualmente avviene mediante l’iscrizione dell’ente nel registro delle persone giuridiche (d.p.r. n. 361 del 2000), non si sia venuta a determinare una situazione di contrasto con l’art. 20 Cost., in ragione del maggiore aggravamento delle procedure di riconoscimento degli enti religiosi rispetto a quelle previste dal diritto comune.
Per quanto riguarda gli enti delle confessioni religiose non munite di intesa, il riconoscimento della personalità giuridica è concesso, a domanda, con decreto del Presidente della Repubblica, su proposta del Ministro dell’interno, uditi il Consiglio di Stato ed il Consiglio dei ministri: il procedimento aggravato sembra una prova del particolare sfavore del legislatore del 1929 nei confronti dei culti ammessi e potrebbe collidere con i principi sanciti negli artt. 3 e 8 co. 1 Cost