Nel corso del procedimento penale è possibile che il giudice venga a trovarsi in determinate situazioni di incompatibilità; queste possono essere originate, innanzitutto, da atti compiuti nello stesso processo (art. 34 c.p.p.): in questa prospettiva, quindi, il giudice che abbia esercitato, nel medesimo procedimento, funzioni di giudice per le indagini preliminari non potrà tenere l’ udienza preliminare; il giudice che abbia emesso il provvedimento conclusivo dell’ udienza preliminare non potrà partecipare al dibattimento; il giudice che abbia pronunciato sentenza non potrà partecipare al processo come giudice negli ulteriori gradi. È bene precisare, infine, che non può esercitare l’ ufficio di giudice chi, nel medesimo procedimento, ha già svolto funzioni di pubblico ministero o attività di polizia giudiziaria.
Le situazioni di incompatibilità del giudice possono essere originate anche da particolari ragioni di parentela (art. 35 c.p.p.): in questa prospettiva, la legge stabilisce che i magistrati, che siano tra di loro coniugi, parenti o affini fino al secondo grado, non possono esercitare funzioni nello stesso procedimento (si pensi, ad es., al caso di un giudice che debba decidere sulla colpevolezza di un imputato, nei cui confronti il coniuge abbia adottato un provvedimento cautelare nella fase delle indagini).